Phe Tin Lành và phe Công giáo tranh chấp nhau càng gay gắt, tín đồ Tin Lành càng sợ Toà thẩm giáo,[21] còn tín đồ Công giáo thì xem là bờ lũy cần thiết để ngăn các tà đạo lây lan.

Áp chế phù thuỷ

Biểu tượng của Toà thẩm giáo Tây Ban Nha (1571)

Ở châu Âu trước Kitô giáo phần nhiều dân chúng tin vào phù thuỷ và đàn áp những người bị tố giác là "phù thuỷ", lòng tin này có thể nhận rõ trong luật lệ bấy giờ. Đầu thời Trung cổ Giáo hội bắt đầu dạy rằng phù thuỷ yêu pháp không tồn tại và lên án là mê tín,[22] khiến cho những luật lệ này bị bỏ đi ở nhiều nơi và chấm dứt tập quán săn phù thuỷ.[23] Song niềm tin vẫn còn rễ trong dân gian.

1.300 năm đầu của kỷ nguyên Kitô giáo thường không có phù thuỷ bị lên án và đàn áp một cách hung bạo.[24] Người dân thường xuyên vừa chúc tụng, vừa niệm chú, vừa cầu nguyện vị thánh bảo hộ để tránh bão, bảo vệ gia súc hay đảm bảo mùa màng được bội thu. Đêm hạ chí đốt lửa trại để đánh lệch thiên tai hay ảnh hưởng của thần tiên, ma quỷ và phù thuỷ. Thực vật được xem là có hiệu quả chữa bệnh, thường được thu hoạch trong điều kiện nhất định.[25]

Hắc thuật bị xử lý bằng sự nhận tội, hối lỗi và việc từ thiện.[26] Theo giáo luật Ailan thoạt đầu bất cứ ai thi hành yêu thuật đều bị tuyệt thông đến khi hội đủ các hành vi sám hối thỏa đáng. Năm 1258 Giáo hoàng Alexanđê IV ra lệnh rằng các thẩm giáo chỉ nên dự vào những vụ tà đạo có cơ sở rõ ràng.

Từ cuối thời Trung cổ đến thời Phục hưng việc đàn áp phù thuỷ đại khái trở nên dữ dội hơn, có lẽ một phần do những biến động bấy giờ như Cái chết Đen, Chiến tranh Trăm năm, và thời kỳ băng hà nhỏ bị vu cho phù thuỷ.[27][28] Một số sử gia thấy cuộc Cải chính Tin Lành nổi lên cùng lúc mà biện luận là tục săn phù thuỷ ở châu Âu chịu ảnh hưởng của đạo Tin Lành.[29]

Toà thẩm giáo Tây Ban Nha

Pedro Berruguete, Thánh Dominic Guzmán chủ trì lễ hành đạo (c. 1495).[30] Nhiều tranh mô tả sai sự thật sự tra tấn và hỏa thiêu trong lễ hành đạo.[31]

Cuối thời Trung Cổ cả Tây Ban Nha lẫn Bồ Đào Nha phần lớn đều là các vùng nhiều văn hóa tràn đầy chất Hồi giáo và đạo Do Thái. Tân chính quyền Kitô giáo không thể coi như tất cả thần dân sẽ đột nhiên cải đạo thành tín đồ Công giáo lâu dài, nên Toà thẩm giáo ở Iberia, León, Castilla và Aragón không những có động cơ tôn giáo mà còn theo đuổi mục đích chính trị xã hội.[31]

Cuối thế kỷ 14 ở một số vùng của Tây Ban Nha có làn sóng bạo lực chống Do Thái. Tháng 6 năm 1391 ở thành phố Seville hàng trăm người Do Thái bị giết, nhà thờ Do Thái bị phá hủy  Số người thiệt mạng ở những thành phố khác như Córdoba, Valencia và Barcelona cũng cao.[32]

Không lâu sau đó hàng nghìn tín đồ Do Thái may còn sống cải đạo. Giáo luật đương thời của Giáo hội không cho phép ép rửa tội và bất cứ ai bị buộc đều có thể trở lại đạo Do Thái, song chỉ khi có đánh đập thì mới được phép; bị dọa chết hay thương nặng mà đi rửa tội vẫn được xem là tự nguyện, và do đó bị cấm quay lại đạo Do Thái.[33] Sau các vụ bạo động thì nhiều người "cảm thấy giữ đạo mới an toàn hơn".[34] Sau năm 1391 một nhóm xã hội mới xuất hiện gọi là conversos hay tân đạo nhân.

Năm 1478 Toà thẩm giáo Tây Ban Nha được thành lập. Trái ngược với các toà thẩm giáo trước đó ở chỗ hoạt động hoàn toàn dưới quyền của triều đình — mặc dầu nhân viên thuộc giới giáo sĩ với dòng tu — và không chịu lệnh của Toà Thánh. Thẩm quyền của Toà bao gồm đại lục Tây Ban Nha và tất cả các thuộc địa lãnh thổ của Tây Ban Nha ở Bắc Trung Nam Mỹ. Mục tiêu chính là những tín đồ bị ép bỏ Hồi giáo hay Do Thái giáo và ở lại Tây Ban Nha sau khi Hồi giáo mất chính quyền, bị nghi là hoặc vẫn theo đạo cũ hoặc đã hoàn đạo.

Năm 1492 tất cả mọi tín đồ đạo Do Thái đều bị Tây Ban Nha trục xuất, còn những người cải đạo thì bị thuộc thẩm quyền của Toà thẩm giáo.

Thuộc địa hải ngoại

Ở châu Mỹ ba toà thẩm giáo được thành lập vào năm 1569, một ở Mexico, một ở Cartagena de Indias và một ở Peru. Toà Mexico quản hạt Mexico, Nueva Galicia, Đông Ấn thuộc Tây Ban Nha và các toà án phúc thẩm của Guatemala.

Toà thẩm giáo Bồ Đào Nha

Một bản khắc bằng đồng từ năm 1685: "Toà thẩm giáo ở Bồ Đào Nha"

Năm 1536 Toà thẩm giáo Bồ Đào Nha được chính thức thành lập. Năm 1515 vị vua của Bồ Đào Nha đã xin Giáo hoàng Lêô X cho thiết lập Toà thẩm giáo, nhưng chỉ sau khi ông qua đời vào năm 1521 thì Giáo hoàng Phaolô III mới đồng ý. Đứng đầu Toà là Tổng thẩm giáo (Grande Inquisidor). Các tín đồ Do Thái là mục tiêu chủ yếu của cuộc thẩm giáo, bị ép theo Kitô giáo. Xưa bị Tây Ban Nha trục xuất vào năm 1492, nay đã đến Bồ Đào Nha nhưng sau cùng vẫn phải ra toà thẩm giáo.

Năm 1540 Toà thẩm giáo Bồ Đào Nha mở lễ hành đạo (auto-da-fé) đầu tiên, là phiên kết án và xử tử công khai. Các thẩm giáo chủ yếu tập trung vào những tân tín đồ Kitô giáo gốc Do Thái. Toà thẩm giáo bắt đầu xét xử những vụ ngoài Bồ Đào Nha ở các thuộc địa, bao gồm Brazil, Cape Verde và Goa. Tại thuộc địa tiếp tục hoạt động như toà án tôn giáo, điều tra xét xử các vụ vi phạm Công giáo chính thống đến năm 1821. Sau này thẩm quyền của Toà được mở rộng đến các vụ kiểm duyệt, bói toán, phù thủy và trùng hôn. Tuy lúc đầu chuyên xử lý lĩnh vực tôn giáo song Toà thẩm giáo ảnh hưởng hầu hết mọi khía cạnh của Bồ Đào Nha: chính trị, văn hóa, xã hội.

Từ năm 1540 đến năm 1794 các toà thẩm giáo ở Lisboa, Porto, Coimbra và Évora chịu trách nhiệm hoả thiêu 1.175 người, thiêu hình nộm 633 người khác và làm 29.590 người sám hối.[35] Một số tài liệu đã mất nên có thể hơi bỏ sót hoạt động thẩm giáo.[36]

Thuộc địa hải ngoại

Năm 1560 Toà thẩm giáo Goa được linh mục Dòng Tên Francis Xavier thành lập từ Malacca, ban đầu vì những tín đồ Kitô giáo ở cả Malacca lẫn Goa đều trở về đạo Do Thái. Những tín đồ từng theo Ấn Độ giáo hay Hồi giáo cũng bị nhắm tới, ngờ là đã quay về đạo cũ. Ngoài ra còn khởi tố những tín đồ Ấn Độ giáo và Hồi giáo do cử hành các nghi thức tôn giáo hay cản trở việc truyền đạo của Bồ Đào Nha.[37]

Toà thẩm giáo La Mã

Giữa cuộc Cải chính Tin Lành giới Công giáo dễ hay ngờ vực có tà đạo trong bất cứ ý tưởng mới nào,[38] ngay chủ nghĩa nhân văn Phục hưng[39] mà trước đây được nhiều nhân vật đứng đầu trong Giáo hội ủng hộ mạnh mẽ. Việc diệt rễ những tín đồ tà giáo trở nên rộng lớn và rắc rối hơn nhiều do Giáo hội không còn có thể trực tiếp chi phối chính trị và tư pháp của những nước Tin Lành, đặc biệt ở Bắc Âu. Vậy công cụ chiến tranh, thảm sát, tuyên truyền[40] truyền đạo[41] đóng vai trò lớn hơn và Toà thẩm giáo mất đi ít nhiều tầm quan trọng. Năm 1542 Thánh bộ Thẩm giáo được Giáo hoàng Phaolô III thành lập làm cơ quan thường trực bao gồm hồng y và các quan chức khác, phụ trách duy trì bảo vệ sự toàn vẹn của đức tin, đồng thời kiểm tra tố cáo những sai sót và những lời dạy sai lầm; Thánh bộ trở thành cơ quan giám sát các Toà thẩm giáo địa phương.[42] Năm 1633 Toà thẩm giáo La Mã xét xử bị cáo nổi tiếng nhất: nhà thiên văn học Galileo Galilei.

Hình phạt sám hối và bản án của những bị cáo nhận lỗi hay bị khép tội tuyên cùng nhau trong buổi lễ công khai vào cuối phiên toà, là auto-da-fé tức lễ hành đạo.[43] Sám hối có thể bao gồm cuộc hành hương, cuộc đòn roi công cộng, khoản tiền phạt, hay yêu cầu đeo thánh giá. Chữ "X" màu đỏ hay những màu sáng khác may vào áo ngoài đánh dấu những người đang bị điều tra. Trong những vụ nặng hình phạt là tịch thu tài sản hay tù giam, dẫn đến trường hợp tố oan để cướp của cải những người có thu nhập cao, đặc biệt là tín đồ gốc Do Thái. Sau khi Pháp xâm lược Giáo hội Quốc vào năm 1798 thì tân chính quyền gửi 3.000 hòm rương chứa hơn 100.000 tài liệu của Toà thẩm giáo đến Pháp.